BFF administrerer 4 fonde, hvoraf de to, nemlig
Frøafgiftsfonden og
Planteforædlingsfonden administreres i henhold til Landbrugsstøtteloven. De to fonde skal i henhold til lovgivningen have selvstændige hjemmesider. Civilstyrelsen fører tilsyn med Erstaningsfonden for Markfrø og Søgård-Fonden.